O MAS possui aproximadamente um acervo de 500 peças, com itens em ouro, prata, bronze e cobre, louças e porcelanas, têxteis, telas, madeira, gesso, papéis, fotografias, vidros e relíquias que representam cinco séculos.
Situado na Praça Visconde de Parnaíba, o sobrado João Nepomuceno recebe esse nome por ter sido construído como residência do capitão-mor João Nepomuceno de Castelo Branco, que ali viveu até a transferência da capital, em 1852. No início do século XX (1909-1919) também foi morada do coronel Alano Beleza. Posteriormente, foi adquirido pelo poder municipal, servindo como sede para a Câmara do Tribunal do Júri e em 1929 como sede do Grupo Escolar Costa Alvarenga.

Em 1937, foi tombado como patrimônio arquitetônico e, em 1940 foi doado à Diocese de Oeiras, se tornando Palácio dos Bispos, tendo sido morada oficial dos três primeiros bispos: Dom Espedido Lopes, Dom Raimundo e Dom Edilberto Dinkeklburg. Apenas em 1983 o prédio foi reformado e direcionado a se tornar sede do Museu de Arte Sacra. Recentemente, o prédio passou por uma nova reforma, com recuperação de forros, pisos e esquadrias.